В курсах раздела «Управление системой безопасности» рассматриваются основные направления обеспечения безопасности предприятия в рамках проблем и задач, решение которых возлагается на подразделения безопасности в современных условиях.
Большое внимание во всех представленных программах уделяется практическим занятиям, причем самыми эффективными формами были признаны тренинги и деловые игры. Примером может служить курс «Совершенствование управленческих и коммуникативных навыков руководителей подразделений безопасности», в котором моделируются различные ситуации и вырабатываются решения практических задач по управлению службой безопасности предприятия.
Флагман раздела «Управление системой безопасности», курс «Комплексное обеспечение безопасности предприятия», также завершается деловой игрой, которая помогает отточить навыки формирования структуры службы безопасности.